当危机笼罩在小镇维尔时，泡泡、花花和毛毛接到召唤：飞天小女警！在她们的导师尤托尼姆教授的悉心指导下，三姐妹与各种各样的恶行反派展开激烈对抗，在睡前拯救世界。飞天小女警第三季是三个超级英雄，她们在上学、打击犯罪、跳格子游戏和睡前拯救世界之间交替进行。市长召唤她们用超能力对抗罪犯。